نتيجة للتعصب المذهبي وحرق المكتبات على مر العصور فقد فقدت كثير من كتب الإباضية التي تحمل أصولهم وتاريخهم  وخصوصا التي تتحدث عن علماء الإباضية فكم من عالم مشهور لا يعرف تاريخ مولده ولا وفاته بل ولا عن شيوخه وتلاميذه شيئا. ومن أمثلة الكتب المفقودة :

·         ديوان جابر بن زيد

·          كتاب ضمام بن السائب

·          جامع أبي صفرة عبد الملك بن صفرة

·           كتب الشيخ محبوب بن الرحيل

·         كتاب النهروان

·         عدة كتب لأبي يعقوب الوارجلاني

·         شرح مرج البحرين للبدر الشماخي

·          كتاب الخزانة لبشير محمد بن محبوب في سبعين جزء.

·   كتاب الكفاية للشيخ محمد بن موسى بن سليمان الكندي في 51 جزء. يوجد جزء منه بمكتبة  محمد بن أحمد ويقال أنه احترق بنزوى في حروب العجم.

·         كتاب الذخيرة للشيخ أحمد بن عثمان الكندي.

·   كتاب التاج تأليف عثمان بن أبي عبد الله الأصم في أكثر من أربعين جزء يوجد منه الجزء السادس والعشرون فقط بمكتبة وزارة التراث القومي والثقافة بعمان.

·   كتاب الأشياخ وهو عبارة عن فتاوى مجموعة من العلماء كانوا مرابطين بحصن دما (السيب حاليا).

·         كتاب الإمامة للشيخ العوتبى صاحب كتاب الضياء.

قرى البصر في جمع المختلف من الأثر للشيخ عبد الله بن أحمد بن الخضر . قال الشيخ السالمي أنه في أربع مجلدات لم يوجد منه إلا مجلد واحد، وله أيضا كتاب الوصيد في ذم التقليد، وكذلك كتاب الرقاع في أحكام الرضاع، إلى غير ذلك من مؤلفاته التي فقدت بسبب إحراق خردلة الجبار لها بعد قتل الشيخ